A investigação que desenvolve tem contribuído para a compreensão das interações vírus-hospedeiro, em particular com foco nas vias do hospedeiro usados pelo vírus e como a infeção modela ou é controlada pelas defesas do hospedeiro. Exemples incluem:

1) O RNA da progenia do vírus Influenza A acumula-se no citosol criando inclusões virais, modificando a via de reciclagem do hospedeiro (Vale-Costa et al, 2016, J Cell Sci 129: 1697-1710).

2) O genoma segmentado do vírus influenza A é montado em inclusões virais citosólicas com propriedades líquidas. (Alenquer et al., 2019, Nature Communications, 10, número do artigo: 1629).

3) Uma nova estratégia antiviral pode depender do ajuste das propriedades líquidas de inclusões virais líquidas como locais de montagem para o genoma do vírus influenza A. (Etibor et al., 2023, eLife 12:e85182)

4) As armas de defesa do hospedeiro contra micróbios, como o CD55, são modificadas durante a infecção, aumentando a patogenese viral. (Santos et al., 2021, PLoS Pathog, 17(7):e1009381).

5) Os vírus desenvolvem muitos mecanismos para controlar a virulência. (Ho et al., 2020, Cell, 181, 1502-1517; Nieto et al., 2019, Frontiers in Immunology, 10, Artigo 132; Pereira et al., 2018, BMC Research Notes, 11:673; Pereira et al., 2017, J. Virology, 91, pii: e00528 -17).

6) Sars-CoV-2 evolução viral e proteção materna de fetos e recém-nascidos (Gonçalves et al., 2023 JCI Insight. https://doi.org/10.1172/jci.insight.167140; Alenquer et al., 2021,  PLOS Pathog, 17(8): e1009772; Gonçalves et al., 2021, Cell Reports Medicine. 2( 12):100468)

A investigação que desenvolvemos é financiada por agências internacionais como o Conselho Europeu de Investigação (projeto LOFlu) e La Caixa e a Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT). Maria João é alumna do International Visitor Leadership Program (IVLP), um importante programa de intercâmbio do departamento de estado dos EUA. Para ela, levar a ciência ao público em geral é muito importante e por isso envolve-se em falar sobre a importância da ciência nas descobertas que mudam as nossas vidas, bem como informar o público sobre diferentes questões relacionadas com a virologia em transmissões de TV e rádio, documentários, comunicados à imprensa e vários artigos sobre virologia.