Identification of DNA CpG islands using inter-dinucleotide distances

Vera Afreixo*, Carlos A. C. Bastos, João M. O. S. Rodrigues, Raquel M. Silva

*Autor correspondente para este trabalho

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Resumo

In this study we set to explore the potentialities of the inter-genomic symbols distance for finding CpG islands in DNA sequences. We explore the distance distributions of the inter CpG and SS distance in the independent nucleotide context (reference). We confront the empirical results from the complete human genome, CpG islands and non CpG islands, with the corresponding reference results. We propose a model to discriminate CpG islands based on some statistical properties of the inter-dinucleotide distances distributions in DNA sequences. The results of this exploratory study suggest that inter-SS symbols distance has high ability to discriminate CpG islands.
Idioma originalEnglish
Título da publicação do anfitriãoOptimization in the Natural Sciences - 30th Euro Mini-Conference, EmC-ONS 2014, Revised Selected Papers
EditoresAlexander Plakhov, Tatiana Tchemisova, Adelaide Freitas
EditoraSpringer Verlag
Páginas162-172
Número de páginas11
ISBN (eletrónico)9783319203515
DOIs
Estado da publicaçãoPublicado - 2015
Publicado externamenteSim
Evento30th EURO Mini-conference on Optimization in the Natural Sciences, EmC-ONS 2014 - Aveiro
Duração: 5 fev 20159 fev 2015

Série de publicação

NomeCommunications in Computer and Information Science
Volume499
ISSN (impresso)1865-0929

Conferência

Conferência30th EURO Mini-conference on Optimization in the Natural Sciences, EmC-ONS 2014
País/TerritórioPortugal
CidadeAveiro
Período5/02/159/02/15

Impressão digital

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