Acinetobacter and public health

: risks posed by strains isolated from foods

Resumo

Acinetobacter spp. emergiu como um patógenico de grande relevância para a saúde pública devido ao aumento da resistência aos antibióticos e à sua associação com várias infeções nosocomiais. Este trabalho teve como objetivo obter uma visão sobre a ecologia alimentar e epidemiologia de Acinetobacter spp. e comparar estirpes alimentares e clínicas quanto à produção de biofilme, resistência à dessecação e suscetibilidade a desinfetantes. Como não existe um procedimento padrão para recuperar Acinetobacter spp. de alimentos, dois meios de enriquecimento seletivo foram avaliados para a recuperação de baixos níveis desses organismos. O enriquecimento em meio Dijkshoorn seguido de plaqueamento em meio CHROMagarTM Acinetobacter mostrou ser um método adequado. Usando este procedimento, Acinetobacter spp. foram isolados de 77,9% das amostras de frutas (35/50) e de vegetais (39/45) e de todas as carnes analisadas (50). Foi observada uma elevada diversidade genética entre os isolados, estabelecida por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) e, com base na análise da sequência parcial de rpoB. 181 estirpes recuperadas de frutas e de vegetais e 156 estirpes recuperadas de amostras de carne foram identificadas como membros de 18 e de 13 espécies distintas, respectivamente. Acinetobacter calcoaceticus e Acinetobacter johnsonii foram as espécies mais comuns (ambas com frequência de 26,5%) recuperadas de frutas e de vegetais, enquanto Acinetobacter guillouiae (34,9%), A. johnsonii (15%) e A. bereziniae (12%) foram as espécies mais comuns recuperadas de carne. Acinetobacter spp. pertencentes ao grupo A. baumannii (11,0% de frutas e vegetais, 18,7% de carnes), frequentemente associado a infecções nosocomiais em todo o mundo, também foram recuperados. A maioria dessas estirpes era resistente a alguns dos antimicrobianos recomendados para tratar infecções por Acinetobacter, como piperacilina-tazobactam, ceftadidima, ciprofloxacina, bem como à colistina e polimixina B, os antibióticos de último recurso para tratar infecções causadas por Acinetobacter multirresistentes. No geral, 29,8% dos isolados de frutas e de alfaces e 51,2% dos isolados de carnes foram classificados como multirresistentes (MDR) e 4,4% e 9,6% como extensivamente resistentes aos medicamentos (XDR), respectivamente. A posição taxonómica de seis estirpes de Acinetobacter recuperadas de amostras de carne, foi investigada, usando uma análise polifásica, uma vez que as semelhanças entre as suas sequências parciais rpoB com outras espécies de Acinetobacter com nomes válidos foram inferiores a 95%. Confirmou-se que as estirpes pertenciam a duas novas espécies por análise de sequências multilocus, incluindo também os genes gyrB, recA e 16S rRNA, baixos valores (inferiores a 95%) de identidade média de nucleotídeos (ANI) na sequência completa do genoma (WGS) e baixa semelhança (inferior a 70 %) de hibridização digital DNA-DNA (dDDH) entre o WGS das estirpes tipo proposta para cada nova espécie e os representantes das espécies conhecidas de Acinetobacter.
A coerência de cada nova linhagem-espécie foi apoiada por espectrometria de massa de ionização e dessorção a laser assistida por matriz, a diferenciação das espécies ao nível de proteínas, pelo perfil de ácido gordos membranares e pelas combinações únicas e diferenciadoras de propriedades metabólicas e fisiológicas partilhadas por cada nova espécie. Essas estirpes representam duas linhagens que são distintas uma da outra e de todas as espécies conhecidas, e os nomes Acinetobacter portensis sp. nov. (quatro estirpes: AC 877T = CCUG 68672T = CCM 8789T como estirpe tipo) e Acinetobacter guerrae sp. nov. (duas estirpes: AC 1271T = CCUG 68674T = CCM 8791T como estirpe tipo) foram propostos para essas novas espécies. Controlar a disseminação de A. baumannii é um desafio principalmente devido à sua elevada capacidade de adaptação a condições ambientais adversas. A capacidade de formação de biofilme em silicone e em inox, a resistência à dessecação em inox e a suscetibilidade a 11 produtos antimicrobianos comerciais foi comparada entre estirpes alimentares (10) e clínicas (10). As estirpes clínicas foram selecionadas entre 104 isolados recuperados de pacientes no Hospital de São Marcos (Braga) com base na sua presuntiva persistência e não persistência. Os clones predominantes de MDR A. baumannii isolados repetidamente em anos diferentes (2004 a 2007) ou em meses diferentes (isolados recuperados em 2014) foram definidos como persistentes e as estirpes recuperadas esporadicamente (com um padrão de PFGE observado apenas uma vez entre todos os isolados) foram definidas como não persistentes. Não foram identificadas diferenças significativas entre as estirpes clínicas e alimentares; todas as estirpes formaram biofilme em superfícies de silicone e inox, resisistiram à dessecação de 14 a 77 dias e revelaram¬se suscetíveis aos desinfetantes testados nas concentrações de utilização recomendadas. No entanto, a capacidade de formação de biofilme das estirpes persistentes foi significativamente maior do que a das estirpes não persistentes em ambas as superfícies. A resistência à dessecação de estirpes persistentes (tempo médio de sobrevivência: 65,8 dias) foi também significativamente maior do que a das estirpes não persistentes (tempo médio de sobrevivência: 35,8 dias). Estes fatores poderão contribuir para a sua manutenção no ambiente hospitalar. Foi também observada uma elevada variabilidade intra¬espécies na suscetibilidade aos desinfetantes mas não foi revelada correlação entre a eficiência dos desinfetantes e a origem dos isolados. Não foram também encontradas correlações entre a resistência a antibióticos e a produção de biofilme, a resistência à dessecação ou a susceptibilidade a desinfetantes. Os alimentos podem, então, ser um potencial veículo de disseminação, tanto na comunidade como em ambientes clínicos, de Acinetobacter resistente a diversos antibióticos, com capacidade para produzir biofilme e de sobreviver à dessecação, o que pode resultar em infeções nosocomiais e adquiridas na comunidade por indivíduos suscetíveis.

Data do prémio	26 jul. 2021
Idioma original	English
Instituição de premiação	Universidade Católica Portuguesa
Supervisor	Paula Teixeira (Supervisor) & Joana Gabriela Laranjeira Silva (Co-Orientador)